Des pommes de terre sans virus grâce au diagnostic moléculaire
(Keystone-ATS) Agroscope remplace le test immunologique utilisé depuis 30 ans sur les pommes de terre par une méthode moléculaire plus rapide, précise et flexible. Elle peut être adaptée à la détection de toute nouvelle maladie qui représenterait une menace pour les cultures.
Chaque année, Agroscope contrôle près de 300’000 tubercules de pommes de terre. L’absence de virus est un des critères de certification des plants destinés aux producteurs suisses. Désormais, après trois ans de développement, ce contrôle est réalisé par un test moléculaire – la PCR en temps réel – directement après la récolte, sur des tubercules dormants n’ayant pas encore germé.
Cette évolution permet d’obtenir des résultats plus rapidement que par le passé, sans augmenter les coûts d’analyse. En outre, cette nouvelle méthode ne nécessite plus l’utilisation de traitements chimiques pour lever la dormance, a indiqué jeudi dans un communiqué la station Agroscope de Nyon (VD).
10’000 tubercules par jour
Analyser du matériel génétique sur près de 300’000 tubercules en quelques semaines est une tâche gigantesque. Pour y parvenir, chaque étape du processus – du prélèvement à l’interprétation du résultat – a été minutieusement étudiée. La chaîne d’analyse mise au point fait appel aux technologies les plus avancées du diagnostic génétique.
En effet, la pomme de terre est une matrice complexe en raison de sa richesse en sucres et en tannins. De plus, le matériel génétique des virus de plantes – basé sur l’ARN – est très fragile et se dégrade facilement.
Un laboratoire semi-automatisé doté des équipements les plus récents a été installé chez Agroscope à Changins (VD), au cœur d’un environnement de recherche appliquée proche de la pratique agricole et où transitent chaque année des dizaines de tonnes de tubercules.
Contrôle de la qualité
L’ordonnance fédérale sur les semences et les plants exige le contrôle systématique du virus Y et du virus de l’enroulement sur l’ensemble des plants de semences reçus à Agroscope. Quatre autres virus sont contrôlés sur certaines catégories de plants.
Rapide, le diagnostic moléculaire est aussi polyvalent. D’autres virus susceptibles d’affecter la qualité des récoltes seront ainsi identifiables, des bactéries pourraient l’être à court terme ainsi que l’analyse de maladies fongiques.
Basé sur les dernières innovations en matière de séquençage génétique, un contrôle qualité des analyses permet la recherche de maladies émergentes. Il assure aussi la bonne détection des nouvelles souches virales sur l’ensemble des plants de pomme de terre utilisés en Suisse.
La mise en place du diagnostic moléculaire pour contrôler les plants de pomme de terre est réalisée sans impact significatif sur le coût des analyses, précise encore Agroscope.
