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Bactéries coriaces «Nous allons tout droit vers une résistance à tous les antibiotiques»



La résistance aux antibiotiques est surtout un enjeu en milieu hospitalier, puisque des infections banales peuvent s'avérer mortelles pour des patients déjà gravement malades.

La résistance aux antibiotiques est surtout un enjeu en milieu hospitalier, puisque des infections banales peuvent s'avérer mortelles pour des patients déjà gravement malades.

(Keystone)

Deux professeurs de l’Université de Fribourg ont identifié la souche bactérienne la plus coriace qui soit. Elle résiste aux deux familles d’antibiotiques utilisés en dernier recours. Une découverte qui a de quoi inquiéter le monde médical.  

Avons-nous usé nos dernières cartouches face à la résistance croissante de certaines maladies aux médicaments de la médecine moderne? Le professeur Patrice Nordmann, chef de la chaire de microbiologie de l’Université de Fribourg (UNIFR)Lien externe et directeur de l’unité Résistances émergentes aux antibiotiques, l’affirme: «Nous allons tout droit vers une résistance à tous les antibiotiques.»

En décembre, lui et son collègue, le Dr Laurent Poirel, ont identifié en Suisse ce qu’ils disent être la souche bactérienne la plus coriace au monde. Celle-ci résiste aux deux familles d’antibiotiques utilisés en dernier recours (colistine et carbapénèmes) pour sauver les patients gravement touchés par les infections aux entérobactéries, que l’on trouve communément dans les intestins des humains et des animaux. Très répandues, elles sont responsables, entre autres, des septicémies, des pneumonies et des infections en chirurgie. La découverte a fait l’objet d’une publication dans la revue spécialisée «The Lancet Infectious Diseases», au début janvier.

La Chine en alerte

Fin novembre 2015, des chercheurs de l’Université agricole de Canton (Chine) ont découvert l’existence d’un nouveau gène («mcr-1») rendant certaines bactéries résistantes à l’une des deux familles d’antibiotiques utilisés en dernier recours pour sauver les malades gravement atteints: les polymyxines (colistine). Ce gène, capable d’être copié et transmis facilement à une autre bactérie, a été retrouvé sur quelque 1300 personnes hospitalisées ainsi que sur des animaux destinés à l’alimentation, testés dans plusieurs régions de Chine.

Les chercheurs estiment que cette résistance à la colistine, via le fameux gène, pourrait avoir été produite par l’animal avant d’être transmise à l’homme. On croyait alors que ce phénomène était, pour l’instant, limité à la Chine où la colistine est largement utilisée en médecine vétérinaire. Or en début d’année, des cas similaires ont été révélés en Allemagne et en Suisse. Toutefois, la souche bactérienne helvétique découverte par l’Université de Fribourg est encore plus inquiétante car elle résiste aux deux familles d’antibiotiques de la dernière chance. 

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Depuis, d’autres cas ont été mis au jour, notamment en Suisse et en Allemagne. La preuve que ces phénomènes ne se limitent plus à des pays tels que la Chine, comme de récentes études le laissaient penser (voir encadré). Patrice Nordmann soupçonne, dans les cas suisses, une transmission de ce mécanisme de résistance de l’animal à l’homme, ce qui suggère «son fort potentiel de diffusion». Comme d’autres médecins, il appelle à restreindre rapidement l’usage des antibiotiques en question, largement utilisés en Europe et en Suisse pour traiter le bétail. D’ailleurs, l’Union européenne vient d’émettre une demande de réévaluation de l’utilisation de la colistine dans le monde animal.

Plusieurs cas en Suisse

Tout commence le 28 décembre. Un Genevois de 80 ans consulte son médecin pour une infection urinaire. L’analyse de l’échantillon de sang révèle une souche particulièrement résistante de colibacille, la fameuse entérobactérie responsable de ce type d’infection.

Ne sachant pas quel antibiotique administrer à son patient, le généraliste envoie cette étrange souche bactérienne à l’Unité de microbiologie de l’UNIFR pour demander l’avis de son responsable Patrice Nordmann. Cette unité reçoit régulièrement ce genre d’échantillons provenant du monde entier pour analyse.

Grâce à un nouveau test de diagnostic rapide de multirésistance aux antibiotiques qu’ils viennent de mettre au point, les chercheurs fribourgeois font une découverte stupéfiante. «Nous avons isolé la première souche de colibacille au monde qui possède non seulement un caractère de résistance aux polymyxines (ou colistine) mais aussi un gène résistant aux carbapénèmes, soit les deux grandes familles d’antibiotiques dits de la dernière chance en cas d’infections aux entérobactéries», explique Patrice Nordmann.

En clair, cette souche a acquis les deux mécanismes rendant inefficaces des antibiotiques souvent utilisés sur des patients en réanimation, mais aussi pour prévenir tout risque d’infection lors de chirurgie et de transplantation. «Aucun vaccin pouvant venir à bout d’infections à entérobactéries multirésistantes aux antibiotiques ne sera disponible dans un avenir proche. Si ces résistances devaient se propager, cela sonnerait le glas du développement de la médecine moderne et nous renverrait à l’ère préantibiotique des années 1930», avertit le médecin. Ainsi une simple opération ORL (nez, gorge, oreille) deviendrait dangereuse car ces parties du corps renferment trop de bactéries pouvant provoquer une infection potentiellement fatale.

«Si ces résistances devaient se propager, cela sonnerait le glas du développement de la médecine moderne et nous renverrait à l’ère préantibiotique des années 1930»

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Risque de transmission

Outre le patient genevois, deux autres cas similaires ont été identifiés en Suisse, à Neuchâtel. En l’occurrence, il s’agissait d’infections bien plus graves, des septicémies (passage du germe pathogène dans le sang). Ces germes peuvent, en outre, rester dans le tube digestif durant 6 à 12 mois (colonisation) et être facilement transmis à une autre personne par un contact physique. D’où leur fort pouvoir de dissémination.

Pour Patrice Nordmann, même si le potentiel de transmission de ce mécanisme de résistance est élevé, les personnes en bonne santé risquent peu. «La gravité de ce genre d’infection survient chez les patients gravement malades. L’enjeu se situe donc majoritairement en milieu hospitalier. En cas de contamination, il n’y aurait pas grand-chose à faire.»

De l’animal à l’homme

L’origine de la souche suisse demeure pour l’heure indéterminée. Mais Patrice Nordmann et son équipe soupçonnent fortement le monde animal. «L’usage de la colistine, antibiotique de dernier recours prescrit en médecine humaine, est très répandu dans la médecine vétérinaire, en Europe comme en Suisse. Dans d’autres pays comme la Chine, elle est même ajoutée aux aliments des animaux en guise de facteur de croissance», expose le professeur.

«Le fait que le même type de gène de résistance ait été trouvé à la fois chez l’homme et l’animal indique qu’il y a eu transmission du bétail à l’homme», poursuit-il. Cette transmission peut se faire en consommant de la viande ou du lait contaminé, ou par un contact direct. Mais, plus étonnant, cela pourrait aussi être le cas en mangeant des légumes ayant poussé dans une terre contaminée par des déjections animales.

Pour le professeur Nordmann, il est impératif de stopper autant que possible la diffusion de telles souches multirésistantes aux antibiotiques. Pour ce faire il s’agit de mobiliser rapidement les différents acteurs de la santé au niveau international afin de réduire le recours à certains antibiotiques, comme la colistine, chez les animaux. Il faut aussi identifier les porteurs (animal et humain) de ces gènes de résistance via des tests de diagnostics rapides comme ceux de l’UNIFR. 

La lutte s’organise lentement

L’Office fédéral de la santé publiqueLien externe n’a pas commenté la découverte, par l’UNIFR, d’une souche bactérienne ultrarésistante. Mais il assure que Berne s’intéresse de près à ces phénomènes, car la résistance aux antibiotiques se multiplie dans le monde entier. «Il y a encore des failles, en Suisse, en matière de surveillance des résistances aux antibiotiques et de leur consommation», explique la porte-parole Katrin Holenstein.

Le Conseil fédéral a approuvé, en novembre 2015, la stratégie Antibiorésistance (StAR)Lien externe, qui comprend 35 mesures pour assurer l’efficacité de ces médicaments à long terme, tant chez l’homme que chez l’animal. En parallèle, des études sont en cours via le Programme national de recherche «Résistance aux antimicrobiens».

L’Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (OSAV)Lien externe indique que, jusqu’à ce jour, aucun gène de résistance aux antibiotiques n’a été détecté sur un animal ou dans de la nourriture en Suisse. Quant à la transmission d’un tel mécanisme de résistance de l’animal à l’homme, l’OSAV estime qu’elle est possible et conseille d’appliquer les mesures d’hygiène de base pour se prémunir de tout risque: cuire la viande, se laver les mains après avoir touché un animal, etc.

L’OSAV précise aussi que la colistine, pour laquelle il n’y a pas d’alternative, est bel et bien utilisée en médecine vétérinaire en Suisse, surtout pour soigner la diarrhée chez les porcs et pour prévenir la transmission de maladies. Mais les quantités prescrites ont largement diminué.

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