De Londres à Lausanne, comment Isomorphic Labs révolutionne la découverte de médicaments
La spin-off de Google DeepMind, Isomorphic Labs, développe un moteur de conception de médicaments utilisant l’IA, dont elle pense qu’il peut «résoudre toutes les maladies». Nous avons parlé à son directeur technique à Lausanne du rôle clé de la Suisse, du battage autour de l’IA et de ce qu’il faudra pour guérir le cancer.
En 2013, Sergei Yakneen était en bonne voie pour une carrière brillante dans la tech, à la tête d’une équipe d’ingénieurs informaticiens chez Amazon, au Canada, quand sa vie a pris un tournant dramatique. Sa mère est morte d’un cancer du pancréas, à seulement 54 ans.
Sergei Yakneen a grandi dans les années 1980, entouré de médecins et de chercheurs à Krasnoyarsk, une ville industrielle majeure au cœur de la Sibérie, qui avait la réputation d’être une terre d’accueil pour les opposants au régime russe.
Et pourtant, il n’a jamais éprouvé le besoin de devenir médecin comme sa mère, oncologue à l’hôpital municipal. «Je m’intéressais plus à l’informatique», se souvient-il. Enfant, il passait des heures à assembler des ordinateurs et écrire du code informatique.
Mais lorsque les médecins de sa famille ont commencé à chercher un traitement pour le cancer de sa mère, son existence a pris une autre direction.
«Je me sentais inutile avec ma carrière dans la tech», dit Sergei Yakneen, qui avait 33 ans à l’époque. «Je ne pouvais pas rester dans ce monde en toute bonne conscience. Je n’arrêtais pas de me dire – à l’avenir, si l’un de mes enfants affronte la même maladie, quelle aura été ma contribution à la solution?»
Il décide alors de quitter son travail chez Amazon pour rejoindre l’institut de recherche sur le cancer d’Ontario. Là-bas, il utilise son savoir technologique pour analyser des données de séquençage d’ADN, issues de milliers de patients atteints du cancer, pour comprendre comment les mutations génétiques influent sur l’apparition et la progression du cancer.
Près d’une décennie plus tard, en 2022, Sergei Yakneen est devenu directeur technique à Lausanne et membre de l’équipe fondatrice de l’une des entreprises les plus en vue dans le domaine des recherches sur la découverte de médicaments par l’IA: Isomorphic Labs.
Un modèle révolutionnaire
Basée à Londres, la compagnie a émergé du laboratoire d’IA de Google, DeepMind, en 2021, avec pour mission de «résoudre toutes les maladies grâce à l’IA». Son fondateur et directeur, Demis Hassabis, a coremporté le Prix Nobel de chimie en 2024 avec son collègue John Jumper pour l’élaboration d’un modèle d’IA révolutionnaire, AlphaFold. Ensemble, ils avaient résolu un problème auquel se heurtaient les chimistes depuis plus de 50 ans: la prédiction de la structure en trois dimensions d’une protéine.
La plupart des médicaments fonctionnent en s’attachant à des points précis d’une protéine, ce qui n’est rendu possible que si on en connaît la forme en 3D. L’identification de cette forme était un processus lent et coûteux qui pouvait prendre jusqu’à cinq ans, jusqu’à l’arrivée d’AlphaFold, qui l’a accompli en quelques minutes.
«Ça nous a tout de suite semblé évident qu’il s’agissait d’un modèle révolutionnaire», déclare Sergei Yakneen, qui travaillait chez Sophia Genetics, lorsque la deuxième version d’AlphaFold est sortie en 2020 (il en existe maintenant trois). Cela pouvait prendre la durée entière d’un doctorat pour décrypter la structure d’une seule protéine. Avec AlphaFold 2, vous pouvez entrer la séquence d’ADN et obtenir la prédiction de la structure en 3D à un niveau d’exactitude quasi comparable.»
Il serait difficile aujourd’hui de trouver un laboratoire pharmaceutique ou une entreprise de biotechnologie dans le monde qui n’utilise pas AlphaFold ni un modèle prédictif inspiré d’AlphaFold, à un niveau ou un autre de sa recherche.
En tant que tel, AlphaFold ne peut pas guérir une maladie, mais ça n’a jamais été son but, déclare Sergei Yakneen. «Nous sommes en train de bâtir une armada de modèles IA qui tous ensemble, de concert, constituent notre moteur de conception de médicaments, qui permettra, on le pense, de créer des traitements plus vite, pour moins cher et avec de meilleurs taux de succès. »
C’est exactement ce qui l’a attiré vers cette entreprise. « Sa mission n’est pas seulement de cibler une maladie en particulier, ou de s’attaquer à une partie de la recherche sur les médicaments, mais de construire des modèles généralistes qui finiront par nous permettre de trouver une solution à toutes les maladies », dit-il. Notamment des maladies qu’on a longtemps crues dépourvues de traitement.
Le «grand défi», selon ses mots, est de parvenir au stade où nos modèles d’IA peuvent concevoir une myriade de molécules avec leurs propriétés spécifiques, presque comme de la médecine à la carte pour chaque personne et chaque maladie.
Isomorphic est maintenant un acteur clé d’une course de plus en plus concurrentielle en vue de révolutionner la conception de médicaments et amener de nouveaux et meilleurs traitements aux patients, pour un coût et une durée bien moindres.
Les géants pharmaceutiques Novartis et Eli Lilly, qui a élaboré le fameux traitement pour la perte de poids GLP-1 Zepbound, se sont déjà associés avec Isomorphic afin de découvrir de nouveaux traitements potentiels, des contrats qui pourraient peser des milliards. En janvier, le labo a signé un contrat avec le géant américain de la santé publique Johnson & Johnson pour s’attaquer aux maladies «difficiles à traiter», à travers différents modes de traitement, tels que les petites molécules et les produits biologiques. Isomorphic travaille également sur un ensemble de projets de médicaments centrés sur l’oncologie et l’immunologie.
Le lien avec Lausanne
En tant que directeur technique, Sergei Yakneen est chargé de rassembler une équipe afin de développer la technologie derrière le «moteur de conception de médicaments» et a suggéré de le faire à Lausanne, en parallèle du siège londonien.
Sergei Yakneen est tombé amoureux de la ville quand il s’y est installé en 2019 pour travailler à Sophia Genetics, où il supervisait le développement et le fonctionnement opérationnel d’une plateforme mondiale de diagnostics moléculaires basée sur l’IA.
Perchée au-dessus du lac Léman, la quatrième plus grande ville de Suisse abrite plusieurs universités, parmi lesquelles l’École polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL), l’une des universités de sciences et d’ingénierie les plus réputées d’Europe, au même niveau que le prestigieux Massachusetts Institute of Technology aux États-Unis.
«J’ai tout de suite été saisi par la beauté de cette région, mais aussi par son esprit d’entreprenariat et par la sophistication du milieu technologique et de l’IA local», dit-il. «Je me suis dit que n’importe qui voudrait être ici, s’il n’y était pas déjà.»
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En mai 2023Lien externe,Lien externe Sergei Yakneen a inauguré le nouveau site de Lausanne pour Isomorphic, à l’EFPL Innovation Park, afin de permettre à l’entreprise d’accéder à la «vibrante communauté technique et scientifique de la région», a-t-il déclaré à l’époque. Mais l’entreprise est rapidement devenue trop grande pour son emplacement et bénéficie désormais d’un bureau permanent dans l’ancien quartier industriel du Flon.
Jusqu’ici, il a recruté près de 30 personnes, principalement des ingénieurs de données et des chercheurs en IA, mais il espère bientôt pouvoir ajouter des recrues issues de la recherche pharmaceutique et de la biotech. L’entreprise compte 300 salariés dans le monde et ouvre actuellement 25 postes à Lausanne ou à Londres, d’après son site.
Cette frénésie de recrutements a été permise par un financement externe de 460 millions de francs, obtenu en mars 2025 de la société américaine de capital-risque Thrive Capital, avec une participation de GV, anciennement connue sous le nom de Google Ventures, ainsi que la compagnie mère de Google, Alphabet. Isomorphic Labs a également reçu 45 millions de dollars d’avance de la part d’Eli Lilly et 37,5 millions de dollars de la part de Novartis, basée à Bâle, dans le cadre des premières collaborations annoncées en 2024.
Du rêve à la réalité
De vifs espoirs reposent sur les capacités de l’IA à surmonter les difficultés liées à l’élaboration de médicaments, un processus long, complexe et risqué. Les experts estimentLien externe que l’IA pourrait diviser par deux le temps et les coûts nécessaires à la création d’un traitement.
Aujourd’hui, une décennie et 2,5 milliards de dollars sont nécessaires pour élaborer un traitement, selon certaines études. Près de 90% d’entre eux n’atterrissent jamais sur le marché, car ils ne passent pas les essais cliniques lors de la phase de tests de leur efficacité et de leur sécurité pour les humains.
L’usage de l’IA dans le développement et la découverte de médicaments est encore balbutiant, mais certains expriment leur scepticismeLien externe quant à ses capacités réelles d’aboutir aux bénéfices et aux avancées que ses défenseurs assurent voir venir à l’horizon. Il existe quelques traitements potentiels découverts par l’IA aujourd’hui en phase avancée des essais cliniques, mais aucun n’a à ce jour été approuvé par les autorités de régulation.
Isomorphic a essuyé ses propres revers. Demis Hassabis a déclaré au public du Forum économique mondial Lien externede janvier 2025 que l’entreprise espérait obtenir ses premiers traitements conçus par l’IA en essais cliniques d’ici la fin de l’année. Mais le 20 janvier dernier, au forum de cette année, il a reconnu que cette échéance avait été repoussée à fin 2026.
La qualité et la disponibilité des données demeurent un goulet d’étranglement majeur. «Avec l’apprentissage automatique, on déploie ces algorithmes d’apprentissage sur de vastes ensembles de données pour pouvoir faire des prédictions, explique Sergei Yakneen. Mais nous avons encore besoin de générer davantage de données.»
Malgré les défis, Isomorphic reste concentré sur son but affiché de «résoudre toutes les maladies» un jour, avec l’aide de l’IA, une mission qui sera un long chemin, reconnaît Sergei Yakneen.
«Nous développons ces technologies qui sont pleines de promesses, mais finalement, nous devons nous assurer que ces traitements sont sans danger», rappelle-t-il. «On ne gagnera rien à se précipiter et à mettre sur le marché quelque chose qui n’aidera pas les patients.»
Il reste déterminé à trouver un traitement pour le cancer qui a emporté sa mère. «Le cancer du pancréas est vraiment très dur. Les améliorations des traitements sont vraiment marginales, dit-il. À ce jour, il n’est pas traitable, mais les capacités que nous développons me donnent de l’espoir.»
Relu et corrigé par Nerys Avery / Traduit de l’anglais par Pauline Grand d’Esnon /kro
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