Il progetto di dossier elettronico dei pazienti è stato ben accolto in procedura di consultazione, ma sono stati espressi timori per possibili violazioni della protezione dei dati. Con la nuova legge, sarà il paziente a scegliere se avere un dossier elettronico e chi potrà accedere alle informazioni. Il testo non contempla la trasmissione dei dati alle casse malattia.

Gli ambienti consultati hanno sottolineato gli innumerevoli vantaggi del sistema: il dossier elettronico permetterà di evitare la ripetizione di esami e limiterà gli errori medici. Conterrà informazioni importanti come gli antecedenti di un malato o l'intolleranza a determinati farmaci e potrà servire anche a trasmettere una ricetta medica.

Per il Consiglio federale è essenziale che il dossier elettronico non sia obbligatorio se si vuole che venga accettato dal pubblico. Il paziente dovrà dare un consenso scritto e sarà necessaria la sua approvazione esplicita per potervi avere accesso.

Malgrado queste barriere, la questione della protezione dei dati suscita perplessità. Santésuisse, l'organizzazione mantello degli assicuratori malattia, chiede che i dossier siano accessibili ai medici delle casse mentre il Partito socialista, l'Organizzazione svizzera dei pazienti (OSP) e la Federazione dei medici svizzeri (FMH) si oppongono categoricamente a questa eventualità.

In base al progetto, la gestione del dossier avverrebbe tramite un microchip e una rete informatica. Pazienti e operatori sanitari dovranno disporre di un'identificazione univoca, ad esempio il numero di AVS. Anche questo aspetto solleva timori riguardo alla protezione della personalità. Per l'UDC, la FMH e l'OSP, meglio evitare di accumulare informazioni sensibili con un solo numero di identificazione. Il PPD invece approva questa soluzione che - a suo avviso - permette di evitare doppioni.

Altro punto critico sollevato durante la procedura di consultazione: il carattere facoltativo del dossier non solo per i pazienti, ma anche per i medici. Solo gli ospedali infatti sarebbero obbligati ad utilizzarlo e questo comprometterebbe la realizzazione del progetto, sostengono PS, PLR, il Partito evangelico, gli Ospedali svizzeri (H+) e le Accademie svizzere delle scienze.