Comment un laboratoire genevois a identifié la souche d’hantavirus à l’origine de l’épidémie du MV Hondius

Un technicien du Centre de référence national pour les infections virales émergentes (CRIVE) de l'Hôpital universitaire de Genève (HUG). Keystone

La souche d'hantavirus à l'origine d'une épidémie sur un bateau de croisière a été identifiée pour la première fois par un laboratoire des Hôpitaux universitaires de Genève (HUG). Voici comment il a procédé.

Ces deux dernières semaines, les médias suisses ont largement parlé de l’hantavirus, après qu’un homme infecté a été hospitalisé à Zurich. Ce dernier avait participé à une croisière transatlantique sur le navire MV Hondius. Au total, 11 cas, dont trois décès, ont été signalés parmi les passagers depuis que l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a été alertée le 2 mai.

Les hantavirus constituent un groupe de plus de 20 espèces virales transmises par les rongeurs et pouvant provoquer diverses maladies. L’Institut national sud-africain des maladies transmissibles (NICD) a confirmé un cas le 2 mai. Le 5 mai, un laboratoire des Hôpitaux universitaires de Genève (HUG) a identifié le variant exact en cause comme étant la souche des Andes.

Cette découverte des HUG a permis à l’OMS de mieux comprendre les mécanismes du virus et de prendre les mesures appropriées pour faire face à l’épidémie.

«L’identification de l’espèce virale est importante pour comprendre son mode de transmission, sa gravité et son origine», explique Francisco-Javier Perez Rodriguez, biologiste chargé des virus émergents au laboratoire.

L’hantavirus de type Andes est le seul hantavirus dont la transmission interhumaine est connue, mais elle nécessite un contact étroit. Il peut provoquer un syndrome pulmonaire à hantavirus, une maladie grave et potentiellement mortelle affectant les poumons.

Depuis le prélèvement de l’échantillon jusqu’à l’OMS, comment les résultats virologiques de Genève ont-ils façonné la réponse à une épidémie mondiale?

Du patient au laboratoire

Le 4 mai, le citoyen suisse infecté a été admis à l’Hôpital universitaire de Zurich (USZ), où des échantillons de sang, d’urine et de sécrétions respiratoires ont été prélevés à l’aide de tampons similaires à ceux utilisés pour le dépistage du Covid-19. Les échantillons ont ensuite été emballés dans trois couches de protection différentes pour être transportés, comme il est d’usage pour les virus.

Le jour même, les échantillons ont été acheminés en voiture au Centre national de référence pour les infections virales émergentes (CRIVE) à Genève, l’un des nombreux laboratoires de virologie des HUG.

Créé en 2005, ce centre est mandaté et partiellement financé par l’Office fédéral de la santé publique (OFSP) pour diagnostiquer les virus émergents tels que la dengue, le SRAS ou le Zika.

Le CRIVE est l’un des quatre laboratoires suisses certifiés au plus haut niveau de confinement biologique. Il est équipé de portes résistantes à la pression et de murs étanches, et ses alimentations en eau et en air sont séparées du reste du complexe hospitalier et décontaminées à plusieurs reprises avant et après utilisation.

«Il existe différents niveaux de sécurité pour travailler avec des micro-organismes, indique Francisco-Javier Perez Rodriguez. Le niveau de sécurité maximal est le niveau 4, et nous avons utilisé le niveau 3, car nous savons que les hantavirus ne sont pas aussi dangereux que le virus Ebola, qui nécessiterait le niveau de sécurité le plus élevé.» La certification du laboratoire se limite à sa mission de diagnostic; il ne peut ni stocker, ni développer de cultures cellulaires pour des virus de niveau 4.

Les échantillons réfrigérés contenant le virus ont été ouverts dans des enceintes de sécurité biologique, des espaces de travail équipés de hottes qui protègent contre les particules d’air contaminées.

Du test PCR au séquençage

«Il existe différentes techniques pour diagnostiquer un virus, et nous avons utilisé une réaction en chaîne par polymérase (PCR), comme pour le Covid», précise Francisco-Javier Perez Rodriguez.

Grâce à cette technique, les spécialistes extraient le génome viral de l’échantillon et le mélangent à des réactifs, une série de composés provoquant des réactions chimiques. Si le virus est présent, de courtes séquences d’ADN du virus, appelées amorces et sondes, se fixent au génome viral, et la séquence cible est amplifiée et signalée par des molécules fluorescentes.

Pour éviter les erreurs de diagnostic, les amorces et les sondes doivent être soigneusement conçues et cibler des parties propres à chaque virus.

Les réactifs destinés aux virus émergents les plus susceptibles d’être importés en Suisse depuis d’autres pays sont stockés dans les congélateurs du CRIVE, afin de pouvoir être utilisés pour le diagnostic dès l’arrivée des échantillons. Le laboratoire des HUG stocke des réactifs pour sept des plus de 20 espèces d’hantavirus.

L’équipe a testé à la fois la souche des Andes, endémique d’Amérique du Sud d’où est partie la croisière, et l’espèce Sin Nombre, afin d’exclure une origine nord-américaine.

Il a fallu deux jours pour séquencer le virus en collaboration avec l’hôpital de Zurich et les résultats ont été publiés dans une base de données publique. Le génome décodé fournit un schéma génétique complet et peut être utilisé pour mieux comprendre le virus.

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Des experts au reste du monde

En Suisse, les médecins et les laboratoires sont tenus par la loi de signaler la présence de plus de 50 pathologies, dont le VIH, la rougeole et la salmonellose. Entre le test PCR positif et le séquençage, les virologues du CRIVE ont informé l’OFSP, les autorités médicales cantonales et l’OMS qu’ils avaient identifié la souche des Andes.

«La communication avec l’OMS s’est établie facilement, car le Centre genevois des maladies virales émergentes, qui travaille en étroite collaboration avec le CRIVE, est un centre collaborateur de l’OMS», souligne Francisco-Javier Perez Rodriguez. Depuis 2023, le centre des HUG collabore avec l’organisation internationale pour les tests et le partage d’expertise.

L’Afrique du Sud a également confirmé que l’épidémie était causée par la souche des Andes après avoir partiellement séquencé le virus. L’OMS a confirmé neuf cas sur onze et a déclaré que les deux autres étaient des cas probables.

Et ensuite?

Le CRIVE conserve des milliers d’échantillons de virus dans ses congélateurs et décide au cas par cas lesquels éliminer ou conserver, en fonction de leur intérêt scientifique. Bien qu’il puisse conserver du matériel génétique inactivé, le mandat du CRIVE l’empêche de stocker les virus les plus dangereux, comme celui d’Ebola. En Suisse, ces virus ne peuvent être stockés que dans un laboratoire spécialisé dans les risques chimiques, biologiques, radiologiques et nucléaires, qui se trouve à Spiez dans le canton de Berne.

«Nous n’avons pas la capacité de conserver tous nos échantillons de Covid, mais les échantillons émergents ou nouveaux, comme celui-ci de l’hantavirus, sont très précieux pour nous. Cela pourrait nous permettre de contrôler notre matériel de diagnostic à l’avenir et nous n’avons à ce stade pas d’échéance pour le jeter», déclare Francisco-Javier Perez Rodriguez.

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Relu et vérifié par Virginie Mangin/dos, traduit de l’anglais à l’aide de l’IA/ptur/rem

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